Ursprünglich hieß er Peter de Hondt – erst später verwendete er die latinisierte Form seines Namens: Peter Canisius. Geboren wurde er am 8. Mai 1521 in Nimwegen (Nijmegen/Niederlande), das damals zum deutschen Herzogtum Geldern in der Diözese Köln gehörte, als ältester Sohn des Bürgermeisters Jakob Kanijs. Ab 1536 studierte er an der Universität Köln Philosophie und Theologie.
