Die Startbahngegner kritisieren die Belastung von Anwohnern und Umwelt durch den Flughafenausbau.
Die Zahl der Menschen, die tagsüber einen außergewöhnlich hohen Lärmpegel ertragen müssen, erhöht sich durch die dritte Startbahn von 14 100 auf 23 700. Und internationale Studien belegen, dass Fluglärm gesundheitliche Schäden verursacht. Menschen, die vom Lärm betroffen sind, erkranken im Schnitt deutlich häufiger an Herzinfarkten, Krebs oder Depressionen. Neben den Anwohnern dürfte auch die Natur am Flughafen stärker belastet werden. Die Planer wollen 1750 Hektar weitere Fläche erschließen. Fledermäuse, Vögel, Echsen und Schmetterlinge werden unter dem möglichen Ausbau leiden.
Startbahnfreunde bezweifeln die Folgen für Anwohner und Natur nicht. Sie argumentieren aber, dass der Nutzen der dritten Startbahn für die Allgemeinheit diese Folgen überwiege. Zudem schaffe die Flughafengesellschaft Ausgleichsflächen, um die Eingriffe in die Natur zu kompensieren. Den Anwohnern werde mit Schallschutz geholfen. Im besonders stark belasteten Freisinger Ortsteil Attaching ersetzt die Gesellschaft einem Teil der Bürger ihr Grundstück finanziell. Dazu ist sie allerdings nach dem Planfeststellungsbeschluss auch verpflichtet.
