Die Fusion zur Diakonie Südfranken ist Martin Ruffertshöfers finales Meisterstück gewesen. Nach 27 Jahren an der Spitze des Wohlfahrtsverbandes; viele Jahre war er Chef des Diakonische Werkes (DW) Weißenburg-Gunzenhausen, zuständig auch für diakonische Dienste in der evangelischen Region Thalmässing.